已知cds系列,如何设计引物扩基因全长

你查到人类和小鼠该基因对应的mRNA序列,进行比对,找出高度同源的一段,下面就是常规的real-timePCR引物设计步骤了,你知道的吧?

你先设计几条引物,然后上NCBI数据库BLAST一下（在外显子上设计比较好些）再问：我的想法是先将已知的序列与同源物种比对，以同源物种多出的区域设计上下游引物，可是这样得到的引物分值太低，怎么办再答：

引物可以通过一些软件设计,比如primer5,但是还需要注意一些细节问题.比如1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计.DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的.在NCBI上搜索不同物种的同

如果你测定的基因序列未知,可以用同源基因或者别的物种的同类基因序列来设计引物,进行PCR,看看是否能够扩增出产物,并对产物进行确认,判断扩增的特异性.如果确认无误,就可以进行荧光定量PCR.再问：我想

ATCG.原理就是体外环境模仿人体内环境,完成人体内的DNA复制,大概就这样.

把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因

K-RAS常见突变位点是已知的,只要设计引物扩增子跨这些突变位点就可以.如果要做测序建议上游和下游都要离突变位点100bp以上,扩增片段长度为300bp左右.再问：谢谢，多谢您的帮助。再答：互相学习。

一条引物应该与A链一端的序列一致；令一条引物应该与B链在令一端的序列一致.走向应该都是从5’到3‘向基因内部走.

若是根据已知序列扩增未知物种的相应序列,可以根据先根据已知序列进行Blast搜索,发现其他同源序列,保存后进行比对,找出其中较保守区域,并根据Primer或Oligo等软件对某条序列进行分析,搜索其中

您应该使用巢式PCR来做这个实验.无论您是先提RNA再做反转录,还是直接从DNA中获得基因,考虑到模板的复杂性,都应当使用巢式PCR.建议您先从目的基因的上下游设计一段引物,即外引物,再根据目的基因上

一、可以使用oligo6或者primer5等软件设计.用这些软件选择引物,主要就是看引物的稳定性,形成二聚体的可能性,退火温度等等参数.二、如果你的序列同源性不高,GC含量也还可以的话,可以使用一些经

NCBI有免费的设计软件非常好用,权威把你的序列贴到最上方的空格就可以了,开始的时候,所有的参数都用系统的默认值就可以,不需要修改.

确实,不同的软件设计的引物不一样.这与引物设计的参数设定有关.一般40到60%的GC含量,保证两引物间连续配对不超过6对,引物自身不形成loop就可以了.如果钱多任务急,可以考虑用多个软件给出的设计结

首先查道你的基因序列（NCBI搜）,第二查引物设计原则,第三下载个引物设计软件设计,简单好用的有primerpremier5.0,这些都能在网上搜到,软件用法也能搜到.

比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了

个人推荐使用PrimerPremier5

可以遵循的逻辑是比较已知的不同种属该基因序列,看看有没有很保守区.想要全长就很难了.:tiger05:ben1147(站内联系TA)EST库里blast找同源的,本物种里的est序列,拼接得到尽量长并

第一次的引物再用,效果不好,酶需要一些额外片段来结合在模板上,所以第二对引物要靠里.引物不同,能增加特异性,这也是巢式PCR的意义所在啦.看到图片会更好理解哈:hand:

建议你先上网学习一下引物设计最简单的一些知识我设计引物是用Omiga软件的,使用比较简单,只要新建一个核酸文件,把目的基因序列粘贴进去,扩增全长的话一般都是手工选取18～22bp长度,再加入内切酶碱基

不要怕软件评分只管去做就是了只要重叠的部分足够就能做出来实在不行就先做一次然后回收目的条带为模板再做一次再问：我的目的条带是1000多个bp，跑胶出来的结果才750bp左右，然后我就不知道怎么办了……