我跟在生化老师后面做实验,现在写论文,要做个发育树.
来源:学生作业帮 编辑:大师作文网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/09/27 05:35:30
我跟在生化老师后面做实验,现在写论文,要做个发育树.
已经测定出来了某细菌的序列,怎么在NCBI上比对,再进一步构建发育树?我是大二的学生,所以麻烦高手把步骤介绍的详细点,
FASTA格式是以TXT形式存在的还是有其独立的文件扩展名?
已经测定出来了某细菌的序列,怎么在NCBI上比对,再进一步构建发育树?我是大二的学生,所以麻烦高手把步骤介绍的详细点,
FASTA格式是以TXT形式存在的还是有其独立的文件扩展名?
在NCBI主页里点击Blast,再点击Blastn,将你的序列黏贴进去,数据库选择nr,点击页面下角的Blast.页面会自动跳转,直到出现序列比对结果页面.在比对结果中筛选你感兴趣的序列,下载序列保存为FASTA格式.推荐再利用Mega软件首先将序列进行比对,保存成.meg文件,在选择系统发生分析选项,就可以制作系统发生树了.建树的算法有很多,建议至少选用两种算法,如果做出的树是一致的,就说明算法可靠.
ps.其实NCBI的序列比对结果页面的中间也有建树的选项,你仔细找找,也可以试一下.
ps.其实NCBI的序列比对结果页面的中间也有建树的选项,你仔细找找,也可以试一下.
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