怎样计算核苷酸的频率给定一条DNA序列TCGCTCGTGGCCATG,分别计算核苷酸C和G的出现频率,以及两联核苷酸CG
来源:学生作业帮 编辑:大师作文网作业帮 分类:生物作业 时间:2024/11/13 15:53:39
怎样计算核苷酸的频率
给定一条DNA序列TCGCTCGTGGCCATG,分别计算核苷酸C和G的出现频率,以及两联核苷酸CG的出现频率,并计算两联核苷酸CG的相对丰度值(dinucleotide relative abundance),并对该值的意义进行解释.
给定一条DNA序列TCGCTCGTGGCCATG,分别计算核苷酸C和G的出现频率,以及两联核苷酸CG的出现频率,并计算两联核苷酸CG的相对丰度值(dinucleotide relative abundance),并对该值的意义进行解释.
这个应该还是比较容易的吧,序列很短
单个核苷酸频率很容易计算,Nt/N,Nt为单个碱基在序列中出现的次数.
二联核苷酸频率的计算P=Nw/(N-1),Nw为二联核苷酸在序列中出现的次数.
二联核苷酸相对丰度值就是Tij=Pij/(PiPj),其中Pi是单个核苷酸出现的频率,Pij表示二联核苷酸出现的频率.对于随机序列,且相邻两核苷酸相互独立,理论上Pij=piPj,也就是说相对丰度值应为1,所以1-Tij可作为序列对二联核苷酸偏性的测量.DRA反映了两个相邻碱基之间的相关程度.
单个核苷酸频率很容易计算,Nt/N,Nt为单个碱基在序列中出现的次数.
二联核苷酸频率的计算P=Nw/(N-1),Nw为二联核苷酸在序列中出现的次数.
二联核苷酸相对丰度值就是Tij=Pij/(PiPj),其中Pi是单个核苷酸出现的频率,Pij表示二联核苷酸出现的频率.对于随机序列,且相邻两核苷酸相互独立,理论上Pij=piPj,也就是说相对丰度值应为1,所以1-Tij可作为序列对二联核苷酸偏性的测量.DRA反映了两个相邻碱基之间的相关程度.
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