NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题

来源：学生作业帮编辑：大师作文网作业帮分类：综合作业时间：2024/11/17 09:02:55

NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题
碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg（实为一对引物的合并序列）在NCBI的blastn中,与ACCESSION：AY070235 （Align two or more sequences）可100%匹配,见图

参数选择：Program Selection
Optimize for
Somewhat similar sequences (blastn)
但是只输入tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg,不输ACCESSION,gi等信息,该碱基序列与nucleotide库中比对的结果见图

,只有3’端的能匹配上,而且AY070235这个原本匹配的序列哪儿去了呢?
参数选择：Choose Search Set
Database
Others (nr etc.):nr/nt
我觉得可能是在Choose Search Set——Database——Others (nr etc.):nr/nt
上出了问题.那我应该怎么选择呢?（研究对象是细菌的基因组）

同意楼上的,刚刚测试了下.
在organism处限定物种即可:Klebsiella pneumoniae.然后你只需页面搜索就能定位到你的序列.
若不限定物种,因为高度同源的序列很多,或者说符合输出条件的数量超过了NCBI反馈序列数量最大值（100条最优结果）,多出的序列就被舍弃了,而你的目的序列恰在100以后.

关于DNA序列在NCBI上比对的问题求高人指教,关于生物信息学中NCBI数据库的blastn的用法. 关于种属鉴定、NCBI的BLAST比对和DNAMAN同源性分析的问题如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对 NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/ NCBI中双序列比对BLAST结果相关问题 ncbi上的基因序列是编码链还是模板链呢?如果通过基因名选择,出来是一个反向的序列,对引物设计有无影响? 请问在ncbi上blast的时候,需要去除pcr扩增引物序列吗? 在NCBI中怎么用已知的引物找目的基因（微生物）带酶切位点的引物设计问题 EI检索中Accession number 与Atricle number的区别,中文怎么翻译? ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南.