同一种酶不同物种中的基因如何进行多序列比对?

来源：学生作业帮编辑：大师作文网作业帮分类：综合作业时间：2024/10/06 16:16:57

同一种酶不同物种中的基因如何进行多序列比对?
一本科菜鸟求助,哪位大侠伸出援手：
我想对植物中的一种酶基因做一个聚类,我在NCBI中搜到了这种酶在不同植物中的基因序列,有complete CDS 也有partial CDS.我把complete cds的挑出来了.DNAman进行序列比对好像是对相同碱基长度的多序列比对.只是我目前找出的不同植物的同种酶基因的CDS长度不同.请问如何进行比对,挑选出同源性较高的区段?

你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因（ortholog）然后再做进化树那种吧.进行多序列比对有许多软件都可以做到,DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequence alignment.给你推荐一些软件,一个是clustalx,一个是MEGA,这两个软件都可以进行蛋白多序列比对,而后者我认为更强大些,还可以进行进化树分析.把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中（一般做同源分析都是用蛋白质序列）.然后用软件进行比对就可以了,结果可以输出为多种形式,比如fasta或者其它格式,软件用法我这里也不多讲了,必须看专用的手册.如果还有不明白就发信息给我

同一种酶不同物种中的基因如何进行多序列比对? 想问下各位高人,设计引物时没有所找物种的基因序列,想问下怎么进行多物种序列比对,找到相对保守区域呢如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对怎样查找一种病毒蛋白所有不同亚型的基因序列?我想比对一下我这个蛋白的序列保守型, 如何使用DNAMAN软件将测序的序列翻译成氨基酸序列?怎么和已知的基因进行比对?麻烦具体点,非常感分子生物学高手进,如何进行多物种的基因同源性比对,预测蛋白质等电点,跨膜区域,信号肽,二级结构预测? 不同物种之间怎样进行基因交流克隆未知基因的序列,测序后BLAST进行了比对,是我们想要的序列,接下来对序列还要进行什么分析? 为什么必须使用同一种限制酶对载体和目的基因进行切割? 比较不同物种中的HOX基因怎样分析基因序列比对结果如何在NCBI对刚测出来的基因序列进行同源性分析?