大师作文网列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
来源：学生作业帮 编辑：大师作文网作业帮 分类：综合作业 时间：2024/11/11 20:14:03
列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具,分析下列未知序列,输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些.一、步骤：
打开google 首页,搜索VecScreen,进入VecScreen首页,复制序列,运行,View report.
二、结果：
输出序列长度918bp,
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2.
2、使用相应工具,分析下列未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的.
进入google首页,搜索RepeatMasker,进入RepeatMasker主页,进入RepeatMasking,复制序列,DNA source选择human,运行!点击超链接,在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析下列未知序列,输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值.一、步骤：
进入google首页,搜索CpGPlot,进入CpGPlot主页,program中选择cpgreport复制序列,运行!
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297,百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子,输出可能的启动子序列及相应的位置.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Neural Network Promoter Prediction,进入主页,复制序列,选择eukaryote,运行!
二、结果：
位置：711—761 ,1388—1438,1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列,分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Splice Site Prediction,进入主页,复制序列.Organism选择Human or other.其他默认,运行!
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译,利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的,输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分).一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI,进入主页,选择all resources（A~Z）,选择O,选择ORF finder.复制序列,默认,运行!
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页,搜索GENESCAN,进入主页,Organism:Maize, ,其他默认,运行!
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库,输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type.
一、步骤：进入google首页,google in English,搜索REBASE,进入主页, 分别输入AluI、MboI、EcoI,运行!
在MboI中选择第一个,EcoI选择第二个.
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具,针对下列未知序列设计一对引物,要求引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃.请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度.一、步骤：进入google首页,搜索genefisher,进入主页,复制fasta格式,chechk input, sunmit, ； ；设置一下引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃； .
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：.
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析,用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切,并用抓图提交胶图（view gel）,要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST,得知是linear.
进入google首页,搜索NEBcutter 2.0,进入主页,选择linear,运行!选择custom digest, ,把“1”改为“4”,选择平末端,后digest.View gel.选择1.4% agarose和Marker为100bp.
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
打开google 首页,搜索VecScreen,进入VecScreen首页,复制序列,运行,View report.
二、结果：
输出序列长度918bp,
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2.
2、使用相应工具,分析下列未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的.
进入google首页,搜索RepeatMasker,进入RepeatMasker主页,进入RepeatMasking,复制序列,DNA source选择human,运行!点击超链接,在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析下列未知序列,输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值.一、步骤：
进入google首页,搜索CpGPlot,进入CpGPlot主页,program中选择cpgreport复制序列,运行!
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297,百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子,输出可能的启动子序列及相应的位置.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Neural Network Promoter Prediction,进入主页,复制序列,选择eukaryote,运行!
二、结果：
位置：711—761 ,1388—1438,1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列,分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Splice Site Prediction,进入主页,复制序列.Organism选择Human or other.其他默认,运行!
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译,利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的,输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分).一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI,进入主页,选择all resources（A~Z）,选择O,选择ORF finder.复制序列,默认,运行!
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页,搜索GENESCAN,进入主页,Organism:Maize, ,其他默认,运行!
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库,输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type.
一、步骤：进入google首页,google in English,搜索REBASE,进入主页, 分别输入AluI、MboI、EcoI,运行!
在MboI中选择第一个,EcoI选择第二个.
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具,针对下列未知序列设计一对引物,要求引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃.请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度.一、步骤：进入google首页,搜索genefisher,进入主页,复制fasta格式,chechk input, sunmit, ； ；设置一下引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃； .
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：.
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析,用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切,并用抓图提交胶图（view gel）,要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST,得知是linear.
进入google首页,搜索NEBcutter 2.0,进入主页,选择linear,运行!选择custom digest, ,把“1”改为“4”,选择平末端,后digest.View gel.选择1.4% agarose和Marker为100bp.
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019